增訂中小企業與國內外大專校院或研究機構共同研究發展之費用符合規定者，亦可依修正後投資抵減辦法第6條第3項規定，中小企業向中央目的事業主管機關提出專案認定申請後，其共同研發對象由國內外公司擴大至國內外大專校院及研究機構；惟中小企業與國外大專校院或研究機構共同研發者，應比照與國外公司共同研發之規範，提供其在國內無適當共同研發對象之說明資料。此外，為使研發活動之產業升級外溢效果發生於臺灣境內，乃增訂第5條之1明確規範，除個別研究發展計畫部分有委外必要者及共同研究發展約定由國外公司、大專校院或研究機構執行部分者外，研究發展支出以在臺灣地區從事者為始得認列 欲使用本項租稅優惠之中小企業請注意，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附相關證明文件，向中央目的事業主管機關申請就其資格條件及當年度研究發展活動是否符合投抵規定提供審查意見；並於當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報及檢附相關證明文件，由稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額