加盟總店提供加盟服務及銷售原物料所收取之加盟權利金及原物料銷售額應依規定開立統一發票報繳營業稅；另收取之加盟履約保證金如於合約期滿後即退還加盟業者，非屬銷售勞務之收入，免徵營業稅，惟加盟業者如違約，遭加盟總店沒收其加盟履約保證金，係營業人在貨物或勞務之價額外收取之費用，應依規定開立統一發票報繳營業稅
例如，甲公司為飲料業者，受消費者歡迎而開放乙公司加盟，甲公司除向乙公司收取加盟權利金100萬元及加盟履約保證金50萬元外，為確保飲料品質一致，並銷售自行調配之原物料20萬元與乙公司，甲公司應就加盟金100萬元及原物料銷售額20萬元開立三聯式統一發票交付乙公司，至甲公司收取之加盟履約保證金50萬元，倘於合約期滿後即退還乙公司，非屬銷售勞務，可免開立統一發票交付乙公司；反之，若乙公司於合約期間內發生違約情事，遭甲公司沒收其加盟履約保證金，則甲公司應就沒收之50萬元，開立統一發票交付乙公司
資料來源: 財政部臺北國稅局 20181127
