使用統一發票的獨資組織營利事業變更負責人，因原負責人已將獨資事業之全部資產負債移轉予新負責人，核屬所得稅法所稱轉讓，應依規定辦理當期決算及清算申報，其貨物之移轉，並應視為銷售，開立統一發票報繳營業稅。
案例: A君（甲工程行）係獨資組織之營利事業，於96年1月17日申請變更負責人登記，帳上所載餘存貨物195萬餘元，未依規定於清算期間屆滿之日起15日內申報繳納營業稅額，經該局查獲，核定補徵營業稅額及處罰鍰各9萬餘元。A君不服，主張其與配偶共同經營甲工程行，為便於配偶平日業務進行，變更負責人為配偶B君，既非交易行為，亦非對價關係，國稅局認定其漏報銷售額，據以補稅裁罰應屬不合云云，申經復查及提起訴願均遭駁回，提起行政訴訟，經臺北高等行政法院判決略以，獨資商號之營業稅係以獨資商號作為課稅之對象，且因獨資商號所生權利義務係歸諸於出資之個人；對依法辦理商業登記之獨資商號所為核課及處分，實際上是就獨資商號之行為所為，但以獨資商號之負責人為對象。A君獨資經營之甲工程行於96年1 月17日辦理負責人變更登記為其配偶B君，原獨資商號之權利義務已由A君移轉予B君，無論B君是否為其配偶，均無法否認已經由A君移轉至另一個個別獨立之營業個體。A君既已將獨資事業之全部資產負債移轉予新負責人，即為轉讓，應依規定視為銷售，報繳營業稅，駁回A君之主張
但若係獨資組織的負責人死亡，由其繼承人繼續經營該商號，申請變更負責人為繼承人或一併變更商號名稱時，其繼承餘存的存貨及固定資產，非屬加值型及非加值型營業稅法第3條第3項第2款所規定視為銷售貨物的範圍，不用課徵營業稅。